Lors de ses contrôles, la MSA s’assure de la bonne application de la règlementation sociale agricole, et en particulier de l’exactitude des cotisations et contributions sociales versées par le cotisant (employeur ou exploitant agricole). Elle peut ainsi contrôler la conformité des déclarations et des paiements des cotisations de maladie, de vieillesse, de retraite complémentaire, d’accidents du travail et de maladies professionnelles, etc. En outre, les agents de contrôle de la MSA sont habilités à rechercher et à constater d’éventuelles infractions de travail dissimulé, seuls ou en collaboration avec l’inspection du travail, l’Urssaf ou les services fiscaux.

Les vérifications de la MSA peuvent porter sur l’année en cours et sur les 3 années civiles qui précèdent le contrôle. Toutefois, en cas d’infraction de travail illégal, le contrôle peut être mené sur l’année en cours et sur les 5 années civiles antérieures.

La MSA peut effectuer des contrôles sur pièces, autrement dit dans ses locaux, à partir des documents qui lui sont transmis par l’employeur ou l’exploitant agricole. Mais elle a aussi la possibilité de réaliser des contrôles sur place, c’est-à-dire au sein même de l’entreprise agricole. À ce titre, sauf si elle recherche des infractions de travail dissimulé, la MSA doit adresser au cotisant un avis préalable de contrôle, généralement par lettre recommandée avec avis de réception.

En pratique, après l’envoi de l’avis de passage, l’agent de contrôle de la MSA contacte l’employeur ou l’exploitant agricole par téléphone afin de s’assurer du bon déroulement du contrôle, notamment de la date, de l’heure et des documents à mettre à sa disposition. Le cotisant est également informé que, dans le cadre d’un contrôle sur place, il peut être assisté du conseil de son choix, en particulier de son comptable.

Une fois sur place, l’agent de contrôle de la MSA doit pouvoir accéder à tous les documents sociaux, comptables, fiscaux et juridiques qu’il juge nécessaires à l’exercice de sa mission. Il est donc autorisé à prendre connaissance des bulletins de paie, des déclarations sociales nominatives, du registre unique du personnel, des contrats de travail, des bilans et des grands livres, des avis d’imposition ou encore des statuts de la société.

Et ce n’est pas tout ! L’agent de contrôle peut également interroger les salariés de l’entreprise ou de l’exploitation agricole afin de connaître leurs nom et adresse, leur emploi, le montant de leurs revenus, etc.

Sauf exceptions (travail dissimulé, obstacle à contrôle, abus de droit, comptabilité insuffisante ou documents inexploitables), les contrôles menés à l’égard des employeurs de moins de 20 salariés ou des exploitants agricoles ne peuvent s’étendre sur plus de 3 mois. Sachant que ce délai débute lors de la première visite de l’agent de contrôle de la MSA (ou à la date de commencement des vérifications lors d’un contrôle sur pièces) et qu’il prend fin avec le document de fin de contrôle. La durée du contrôle peut toutefois être prorogée une fois à la demande expresse du cotisant ou de la MSA, lorsque des circonstances exceptionnelles nécessitent un délai plus long (comme la fermeture de l’entreprise agricole pour une durée prolongée, par exemple).

Pour les employeurs d’au moins 20 salariés, aucune durée maximale n’est imposée à la MSA pour réaliser ses contrôles.

Sous peine de nullité du contrôle, la MSA doit, au terme de ses vérifications, adresser au cotisant un document de fin de contrôle, daté et signé. Un document qui doit mentionner notamment l’objet du contrôle, les documents consultés, la période vérifiée et la date de fin de contrôle.

Au titre des observations, ce document peut faire état :

– d’une absence totale d’observations en cas de bonne application de la législation ;

– d’observations sans régularisations auxquelles l’employeur ou l’exploitant agricole doit se conformer pour l’avenir ;

– d’un trop-versé du cotisant, précision devant alors être faite des modalités d’imputation ou de remboursement des sommes payées en trop ;

– d’un redressement, c’est-à-dire de sommes à payer.

En cas de régularisation, la MSA doit indiquer, par chef de redressement, la nature et le mode de calcul des redressements d’assiette et de taux ainsi que les montants des redressements envisagés. De plus, elle doit préciser le montant des sommes dues année par année. Enfin, en cas de réitération d’une pratique ayant déjà fait l’objet d’une observation ou d’un redressement lors d’un précédent contrôle, la MSA doit spécifier les éléments qui lui ont permis de constater que l’employeur ou l’exploitant ne s’était pas mis en conformité.

À réception du document de fin de contrôle, l’employeur ou l’exploitant agricole dispose d’un délai de 30 jours pour formuler ses remarques, apporter des précisions ou proposer des ajouts à la liste des documents consultés. Un droit qu’il a tout intérêt à exercer car en cas de transmission de nouveaux éléments portant sur un ou plusieurs aspects du redressement, la MSA peut être amenée à infléchir sa position et à revoir à la baisse le montant des sommes réclamées. Et quelle que soit sa décision, la MSA a l’obligation d’adresser au cotisant une réponse motivée mentionnant, le cas échéant, les redressements qui demeurent envisagés. Des redressements qui lui seront ultérieurement confirmés par l’envoi d’une mise en demeure de payer.